细菌与环境保护 生活污水、工业废水中含有大量有机物，如有机酸、氨基酸等，可以作为细菌的食物。厌氧菌（一些杆菌如甲烷菌）在无氧环境下分解有机物，产生的甲烷可用于照明、取暖或发电；好氧菌在有氧环境下直接将有机物分解成二氧化碳和水等物质都能达到净化水的目的。污水处理厂中常用的生物活性污泥絮状物就是由多种微生物聚合而成的絮状团块，主要是细菌，可以高效地提高水质。 此外，人类对细菌和真菌的利用还有其他方面，如生物防治中以菌治虫等。
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